Kaplica Batorych, która początkowo miała pełnić funkcje kaplicy grobowej kardynała musiała być wyposażona w kryptę. Obecnie stanowi ona jedyne nieprzekształcone wnętrze pierwotnej centralnej budowli, jaką wniesiono w latach 90. XVI w. na planie kwadratu.
Wejście do niej prowadzi przez niewielki korytarzyk i klatkę schodową, przebudowaną po położeniu nowej posadzki i budowie obecnego ołtarza bocznego na początku XVIII w. Wnętrze przesklepione kolebką było doświetlone przez niewielkie okienko pełniące też rolę wentylacji. Ponieważ Andrzej Batory opuścił Warmię i został zabity w Siedmiogrodzie w 1599 r., krypta pozostała pusta, później zaś była wykorzystywana przez bernardynów.