W 2020 r. dokonano w kościele wyjątkowego odkrycia. Pod posadzką znaleziono piętnaście elementów odkutego z gotlandzkiego piaskowca Burgsvik ołtarza architektonicznego, którego dwie okazałe części struktury służyły do niedawna w roli ozdobnych kropielnic w kruchcie. Ołtarz ten ufundował przed 1626 r. do kościoła bernardyńskiego w Barczewie kanonik warmiński Wawrzyniec Koch, administrator diecezji. Nastawę fundator i zakonnicy dedykowali Matce Bożej i św. Annie, a jej konsekracja nastąpiła dopiero w dniu 8 października 1656 r. Ołtarz był pierwotnie ustawiony w przejściu między prezbiterium i nawą, pod kratą przegrody chórowej, i służył w liturgii wiernych świeckich. Miał formę kamiennej mierzącej ok. 4.5 m wysokości nastawy ujętej kolumienkami, dekorowały go płaskorzeźby figuralne, m.in. sfinksy i maski typu espagnolette, oraz bogate ornamenty okuciowo-zwijane. Na odkrytych detalach zachowały się liczne ślady polichromii i złoceń.
Pod względem artystycznym nastawę tę można porównać z najlepszymi przykładami małej architektury ołtarzowej z okresu późnego manieryzmu w Gdańsku i Elblągu, a jego detale figuralne i ornamentalne wykazują podobieństwo do dzieł sławnego gdańskiego warsztatu rzeźbiarskiego Niderlandczyka Abrahama van den Blocke’a (zm. 1629), albo jego konkurenta z Elbląga – Willema Maertensoona starszego. Nowoodkryty ołtarz barczewski jest unikalnym w skali dawnego Księstwa biskupiego Warmii przykładem plastyki późnomanierystycznej o genezie niderlandzkiej sprzed inwazji szwedzkiej w 1626 r. Uwagę zwraca użycie piaskowca Burgsvik, stosowanego głównie w produkcji elementów architektonicznych oraz epitafiów i tańszych nagrobków mieszczańskich i rycerskich, zamiast cenniejszych ,,marmurów” mozańskich z Niderlandów Hiszpańskich oraz alabastru angielskiego. Te ostatnie materiały można podziwiać we wspaniałym barczewskim nagrobku piętrowym kard. Andrzeja i Baltazara Batorych, dziele pracowni van den Blocke’ów z 1598-1602 r. Piaskowiec gotlandzki wykorzystywano na Warmii z powodzeniem zwłaszcza w następnym stuleciu. Wybitny rzeźbiarz tyrolskiego pochodzenia Christoph Perwanger z Tolkmicka posłużył się nim w latach 40. i 50. XVIII w. m.in. w serii stacji Drogi krzyżowej w kościele bernardyńskim w Stoczku Warmińskim oraz w kilkudziesięciu figurach patriarchów z rodu Maryi i Jezusa w sławnym sanktuarium maryjnym jezuitów w Świętej Lipce pod Reszlem.
