W kaplicy przywrócone zostały okna barokowe z lat 40. XVII w. – czyli etapu rozbudowy wcześniejszej manierystycznej kaplicy centralnej. Podczas prac konserwatorskich usunięto XIX-wieczne zamurowania z cegły maszynowej i odsłonięto barokowe ościeża oraz zrekonstruowano półkolisty wykrój okna. Forma ościeży i ślady w tynku świadczyły, że były to okna o masywnej drewnianej ościeżnicy, osadzonej przy licu zewnętrznym muru. W tym okresie historycznym okna posiadały grube słupki konstrukcyjne i poprzeczne ślemiona, tworzące podział na niewielkie kwatery. Wielkość kwater uzależniona była od technologii wytwarzania szkła. Możliwe do wykonania były jedynie małe szybki, które – osadzone w gęstej siatce listew ołowianych, tworzyły ciężką błonę, uginającą się pod własnym ciężarem przy zbyt dużej rozpiętości.