Nie znamy dokładnej liczby krypt znajdujących się w kościele św. Andrzeja w Barczewie. Możemy jedynie przypuszczać, że oprócz krypty w prezbiterium i kaplicy Batorych znajdują się jakieś w nawie kościoła.
Chóry wschodnie świątyń zakonnych, z uwagi na bliskość ołtarza i ograniczenie w dostępności dla zwykłych wiernych, uznawane były za najbardziej prestiżowe miejsce dla pochówków. Presji ze strony dobroczyńców klasztorów starano się przeciwdziałać zakazując grzebania świeckich w obrębie prezbiteriów. Dało to asumpt do wznoszenia kaplic bocznych, a nawet osobnych mauzoleów w sąsiedztwie świątyń.
W kościele św. Andrzeja znamy pojedyncze pochówki z 1 poł. XVII w., jednak krypta w prezbiterium powstała dopiero ok. 1730 r. w związku z nowym wystrojem i budową ołtarza głównego. Położona centralnie służyła składaniu zarówno trumien, jak i jako ossuarium dla wcześniejszych pochówków. Wejście do niej miało formę szybu ze schodkami przykrytego płytą. Nie jest pewne kiedy ją opróżniono, ale mogło to mieć związek z naprawami posadzki i lustracjami władz więziennych z końca XIX w.