Będąc w prezbiterium z pewnością należy zwrócić uwagę na przepiękną posadzkę z zachowanymi nawarstwieniami historycznymi, wykonaną w różnych okresach z rozmaitych materiałów. Posadzka jest niejednorodna stylistycznie i składa się z różnych materiałów kamiennych i ceramicznych, będących świadkiem historycznych nawarstwień. Jej układ podporządkowany jest poszczególnym elementom wyposażenia, które wielokrotnie się zmieniało na przestrzeni wieków.
Poziom pierwszej gotyckiej posadzki znajdował się ok. 50 cm poniżej obecnego, przykryty przez zwalisko po pożarze dawnego sklepienia. Obecny poziom jest świadkiem XVII wiecznej historii.
Najstarszą zachowaną chronologicznie warstwą jest posadzka z kwadratowych płytek ceramicznych, ułożona przed budową stalli w 1610 roku. Fragmenty tej posadzki widzimy w okolicach stalli i za barokowym ołtarzem. Największa część jest schowana pod stallami, a widoczne dwa fragmenty na środku są świadectwem po przebudowie stalli w XVIII wieku.
Największą część prezbiterium zajmuje posadzka z wapienia olandzkiego z początku XVIII wieku sprowadzanego ze Szwecji. Płytki kwadratowe w dwóch odcieniach: czerwonym i szarym tworzą ukośny wzór z płyt ułożonych na mijankę.
Na środku znajdują się trzy płyty memoratywne o szczególnych wartościach artystycznych i historycznych. Najstarsza jest płyta z płaskorzeźbioną siedmioramienną gwiazdą. Środkowa, największa, to płyta Bartolda Bierzyckiego z 1615 r., pod którą znajduje się zejście do krypty. Trzecia to płyta Piotra Tylickiego z przedstawieniem herbu Lubicz, pochodzi z 1640 roku.
Pod ścianą północną, w większości pod ławą, leży fragment posadzki ceglanej, być może ułożonej wtórnie z cegły gotyckiej. Przy środkowej wnęce umiejscowiono czarną płytę z marmuru szwedzkiego. W tym miejscu odnaleziono elementy dawnego ołtarza kamiennego przegrodowego z szarego piaskowca, które zostały wtórnie ułożone w posadzce, rzeźbioną stroną na piasku i glinie. Przed barokowym ołtarzem znajduje się XIX wieczna posadzka z płyt kamiennych z piaskowca, najmłodsza chronologicznie, z czerwoną twardą spoiną. Płytki w dwóch odcieniach: czerwono-fioletowym i żółtym, tworzą wzór ułożony w szachownicę, ale rzędy przebiegają skośnie względem posadzki wapiennej.