Okna w prezbiterium ukształtowane zostały wraz z przebudową tej części kościoła pomiędzy rokiem 1390 a 1414. Wówczas nadano im gotycki – ostrołuczny, wysmukły kształt i, zachowane do dziś, ozdobne obramowanie ościeża ceglanymi kształtkami. Okna w tej fazie, posiadały ponadto podział pionowy i zwieńczenie maswerkowe. Podczas prac konserwatorskich odnaleziono kilka kształtek ceglanego słupka okiennego i ślady mocowania poprzecznych drewnianych ślemion – stąd wiadomo, że słupek i poprzeczki (ślemiona) dzieliły okno na równe kwatery przeszklone małymi szybkami połączonymi ołowiem. Niestety, rozkucie ościeży okien w późniejszych okresach, zatarło wszelkie ślady gotyckiego wypełnienia podłucza i obecnie nieznana jest forma wieńczącego okno maswerku.
Więcej śladów pozostało do naszych czasów po oknach późniejszych – z końca XVII w. – i ten etap został odtworzony podczas prac konserwatorskich. Odnaleziono mianowicie fragmenty środkowego drewnianego słupka, w nadmurowanych parapetach trzech okien. Oprócz tego, w zastygłym tynku odciśnięty był negatyw XVII-wiecznej drewnianej ramy okiennej, w której mocowana była błona oszklenia. Według odnalezionych reliktów odtworzono kształt i profile drewnianego słupka, szerokość i miejsce osadzenia ramy. Szklenie z małych szybek łączonych listwami ołowiowymi, zostało wykonane w nawiązaniu do analogicznych rozwiązań stosowanych w tym czasie. Wówczas, ze względów technologicznych, możliwe było wytwarzanie niewielkich szybek. Relikty XVII-wiecznych okien odkryto w dolnych partiach – wyżej glify okien były rozkute podczas zmian wystroju wnętrza w latach 30. XVIII w. i w 1890 r.
Okna prezbiterium i nawy zostały wymienione w tym samym czasie, tj. na pocz. XVIII w., kiedy rozkuto węgarki w celu osadzenia nowej drewnianej ramy. Ponowna wymiana wszystkich okien (poza wschodnim w prezbiterium) nastąpiła w latach 90. XIX w., a następnie po II wojnie światowej.