Zapraszamy teraz do prezbiterium świątyni. Jest to najstarsza część kościoła. Pierwszy murowany budynek obejmujący trzy zachodnie z czterech przęseł obecnego chóru powstał już ok. 1370 r. Strzępia pierwotnej ściany wschodniej i zmiany w konstrukcji fundamentów zostały odkryte między dwoma portalami widocznymi w północno-wschodnim narożniku kościoła z lewej strony ołtarza głównego. Zagłębienie przy tych portalach pokazuje średniowieczny poziom posadzki prezbiterium. Pod koniec XIV w. kościół został przedłużony w kierunku wschodnim i nadbudowany na mur obronny miasta.
Od początku zakładano wybudowanie w części zachodniej prezbiterium lektorium czego dowodzą pozostawione tam przejścia. Ostatecznie drewniana przegroda chórowa powstała w XV w., po dostawieniu korpusu nawowego. Mimo pożarów kościoła i jego gruntownej przebudowy na przełomie XVI i XVII w. w manierystycznym wystroju świątyni początkowo utrzymano chór zachodni, a nad prezbiterium założono sklepienie kolebkowe, podobnie jak w przypadku nawy imitujące późnogotyckie sieciowo-gwieździste. W pierwszej dekadzie XVII w wystawiono manierystyczne stalle, a konsekracja odbudowanej świątyni nastąpiła w 1610 r..
Z powodu istnienia empory zachodniej stalle ustawiono głębiej w prezbiterium, zostawiając od zachodu pas ok. 3 m. Po galerii zachowały się gniazda belek i przebudowany w okresie nowożytnym portal w północno-zachodnim narożniku. XVII-wieczny, bogato dekorowany, złocony i polichromowany, przegrodowy ołtarz kamienny, odnaleziony we fragmentach, w posadzce kościoła, w latach 1732-1734 został zastąpiony przez wielką drewnianą nastawę wykonaną przez Christophera Schmidta. Zasłoniła ona okno wschodnie, które zamurowano. Wtedy też zlikwidowano emporę przy łuku tęczowym, by muc podziwiać nowo wystawiony ołtarz. W połowie lat 40. XVIII w. przebudowano skrzydło wschodnie klasztoru dodając nowe główne wejście do prezbiterium w połowie ściany północnej i wykuto wówczas dwa przeźrocza w blendach. Jedno z tych okien zostało odtworzone w trakcie trwających ostatnio prac konserwatorskich.
