Kościół św. Andrzeja w XVII wieku otrzymał bogatą dekorację malarską w duchu manieryzmu, zachowaną przede wszystkim na ścianie północnej korpusu nawowego. Wśród polichromii na szczególną uwagę zasługują dekoracje malarskie ścian i arkady bocznej kaplicy św. Franciszka Serafickiego
Fakt częściowego odsłonięcia w 2019 r. we wnęce dawnej kaplicy tegoż świętego patrona zakonu w trzecim przęśle strony północnej nawy zespołu późnomanierystycznych polichromii figuralnych i ornamentalnych z 2. ćw. XVII w. można uznać za jedno z najdonioślejszych odkryć tego typu na historycznej Warmii w ciągu ostatnich kilkudziesięciu lat.
Zespół ten, związany z istnieniem przy ołtarzu bractwa tercjarskiego, z uwagi na niespotykany program ikonograficzny i wysokie walory artystyczne stanowi unikatową wartość kompletnego XVII-wiecznego wystroju malarskiego świątyni powiązanego bezpośrednio z nastawą ołtarzową.
Ołtarz pod wezwaniem św. Franciszka z Asyżu w kościele Bernardynów w Barczewie został konsekrowany w 1656 roku. Jego wygląd nie jest dzisiaj znany. Do naszych czasów zachował się jedynie umieszczony w późniejszej nastawie obraz przedstawiający stygmatyzację św. Franciszka oraz fragmentarycznie zachowana polichromia namalowana na ścianie i filarach powyżej ołtarza.
W górnej części ściany i zamurowanego okna wyobrażeni zostali święci, którzy cieszyli się specjalnym kultem wśród Franciszkanów i Bernardynów. Są wśród nich: widoczny po lewej stronie ubrany w habit Bernardyn ze Sieny, z monogramem Chrystusa w wyciągniętej ręce, umieszczony poniżej Ludwik z Tuluzy w szatach biskupich oraz, po przeciwległej stronie, Bonawentura w stroju kardynalskim.
Dekoracja malarska pokrywająca boki filarów składa się z ze scen z życia założycieli zakonów Franciszkanów i Klarysek. Dolna kwatera po lewej stronie ilustruje cud z sakiewką. Zakonnik towarzyszący świętemu Franciszkowi w wędrówce chciał rozdać ubogim pieniądze ze znalezionej na drodze sakiewki. Te jednak, pod wpływem modlitwy mnicha z Asyżu, zamieniły się w węża, ukazując prawdziwą naturę bogactwa.
Widoczny powyżej epizod przedstawia świętego Franciszka, który nagi rzucił się na ciernisty krzew, aby nie ulec pokusom szatana. Mimo, że była wówczas zima, na krzaku zakwitły białe i czerwone róże. Wówczas ukazał się anioł i polecił zakonnikowi zanieść kwiaty do kościółka Porcjunkuli, gdzie czekać będzie na niego Zbawiciel. Epizod ten przedstawiono powyżej. Na spotkanie kroczącego w towarzystwie dwóch aniołów Franciszka wychodzi Chrystus, widoczny z lewej strony.
Na przeciwległym filarze, w jego górnej części, ukazany został zapewne św. Franciszek w trakcie modlitwy lub stygmatyzacji. Poniżej znajdują się dwie sceny poświęcone Klarze z Asyżu: kuszenie jest przez szatana w postaci dziecka oraz śmierć świętej.
Nieznany z imienia autor malowideł inspirował się kompozycjami, które publikowane były wcześniej w formie grafik. Wydaje się, że znajdujący się w ołtarzu obraz świętego Franciszka jest także dziełem tego samego malarza. Przemawiają za tym podobnie malowane twarze aniołów.
