W połowie XVIII wieku po wzniesieniu ołtarza głównego zakonnicy przystąpili do wymiany starszych ołtarzy bocznych na nowe. Proces ten trwał przez kilka lat. Wiadomo z kroniki klasztornej, że znaczną część prac wykonał Jan Chrystian Schmidt. Imiona innych stolarzy i rzeźbiarzy czynnych przy wznoszeniu nowych nastaw nie zostały odnotowane.
Znajdujące się obecnie w nawie świątyni ołtarze poświęcone są (po lewej stronie od prezbiterium) Ukrzyżowaniu Chrystusa, św. Józefowi i św. Franciszkowi oraz (po prawej stronie) Matce Boskiej Szkaplerznej, św. Annie i św. Bonawenturze. Wszystkie wymienione nastawy powstały w XVIII w., w dobie baroku. Znajdujące się w ołtarzach obrazy wykonano w różnych stuleciach. W większości przypadków nie znamy imion ich twórców. Pod koniec XX w. namalowano kopie obrazów św. Anny Samotrzeć i św. Bonawentury, które zastąpiły oryginalne, skradzione płótna.
Warto zwrócić uwagę na regencyjną nastawę pw. św. Franciszka, w której umieszczony został obraz przedstawiający stygmatyzację świętego, opatrzony datą 1654. Z pewnością obraz pochodził z wcześniejszego retabulum, którego malarska oprawa zachowała się na ścianie północnej. W dolnych rogach płótna umieszczono dwa herby: Rogala, opatrzony literami MD/DD oraz herb Murdelio I.M:K. Drugi z herbów należał do Jacka (Hiacynta) Murdelio Karwata, co najmniej od 1653 burgrabiego zamku biskupiego w Barczewie, który był wówczas jedyną osobą w Prusach pieczętującą się tym herbem. Być może pojawił się on na Warmii w 1633 roku wraz z biskupem Mikołajem Szyszkowskim.
