Odwracając się za siebie w stronę elewacji zachodniej kościoła widzimy polichromowaną emporę z wizerunkami świętych franciszkańskich.
Prawdopodobnie już w latach 20. XVII w. wykonano niewielką emporę boczną pomiędzy filarami na północnej ścianie korpusu. Prowadziło do niej wejście z pierwszej kondygnacji klasztoru, które widoczne jest do tej pory w drugim przęśle pomiędzy filarami.
Rozbudowa instrumentu muzycznego spowodowała zapewne potrzebę powiększenia chóru, dlatego też w latach 70-tych XVII stulecia przy zachodniej ścianie świątyni wybudowano okazałą empora, zapewne z wykorzystaniem elementów i obrazów z poprzedniej rozebranej bariery na północnej ścianie. Jej wysokość spowodowała jednak, że oryginalne, niezwykle cenne, drzwi do kościoła z 1604 r. dostoswane do półkolistego portalu musiały zostać docięte.
W XIX w. po kasacie klasztoru i zamurowaniu wszystkich przejść między kościołem a klasztorem, konieczne stało się zapewnienie wejścia na emporę organową i poddasze. Z tego powodu dodano wówczas drewniane schody drabiniaste zachowane do dziś. Na emporze stoi nowy neogotycki, prospekt organowy wykonany dopiero w końcu XIX w.
