Pierwszy korpus nawowy powstał w 2 ćw. XV w. Podobnie jak szereg innych kościołów salowych z tego okresu ściany wzdłużne zostały wzmocnione wewnętrznymi przyporami. Nawa gotycka o takiej samej wysokości jak prezbiterium, nie miała założonych sklepień, a prawdopodobnie płaski strop. W pierwszej parze przypór od wschodu możemy dostrzec ślady po dwu ambonach umieszczonych naprzeciwko siebie. W poł. XVIII w. zostały one zastąpione przez nową okazałą ambonę rokokową, wystawioną na północnym filarze nawy.
Ponieważ kościół spłonął w 1544 r., a franciszkanie niedługo potem opuścili Barczewo, świątynia popadła w ruinę. Dzieło odbudowy pod koniec XVI wieku rozpoczął kardynał Andrzej Batory – bratanek królewski, a po nim kontynuowali dwaj kolejni biskupi – Piotr Tylicki i Szymon Rudnicki. Nawie nadano cechy architektury postgotyku. Przedłużono gotyckie przypory podwyższając je i łącząc ostrołucznymi arkadami. Na tej konstrukcji oparto sklepienie kolebkowe z lunetami, które wzbogacone o misterną siatkę żeber naśladuje późnogotyckie sklepienia gwiaździsto-sieciowe. Jedynie wejście do nieco starszej kaplicy Batorych pozostawiono w formach renesansowych – z półkolistą arkadą i wieńczącym ją dużym okulusem.
