Elewacja wschodnia mimo swojego gotyckiego wyrazu nie jest jednolita. Jej nastraszą częścią jest relikt muru obronnego Barczewa zawierający się w jej dolnej części wzniesiony przez biskupa Henryka Sorboma w latach 70. XIV w. Jest to jedyny tak dobrze zachowany fragment fortyfikacji średniowiecznych miasta. Mur wzniesiony w technice opus emplectum zawierał kamienny rdzeń oblicowany z obydwu stron cegłami, co mogli państwo zobaczyć oglądając otwarty przekrój muru od północy. Od zewnętrznej strony mur został zwieńczony fryzem z ząbkowaniem i pasem tynku zapewne dodatkowo dekorowanym malowanym ornamentem. Powyżej znajdowały się blanki. Całkowita wysokość muru od poziomu gruntu wynosiła nieco ponad 5 m.
Naszą wycieczkę zaczynamy od reliktów dawnej furty prowadzącej w kierunku folwarku zakonnego i młynówki, znajdującej się na północ od obecnego kościoła. Zniszczony mur ukazuje turystom swój rdzeń wykonany z oblicowanych cegłami kamieni, wspomniany już wcześniej opus emplectum.
Popatrzmy teraz na imponujący szczyt wschodni prezbiterium. Już ok. 1400 r. franciszkanie uzyskali zgodę na dostawienie do muru obronnego swojej świątyni. Na wysokości blanków znalazł się parapet dużego okna wschodniego doświetlającego wnętrze świątyni. Nie wiadomo jak w tym czasie użytkowana był furta, jednak zgoda na dostawienie kościoła wpłynęła na potencjał obronny całego miasta. Jednak w 1414 r. w trakcie tzw. wojny głodowej, kiedy wojska polskie pustoszyły całą Warmię, a wojska biskupie i krzyżackie pozamykały się w warowniach i miastach, Barczewo zostało złupione przez jeden z zagonów. Wiadomo, że spłonął wtedy kościół i klasztor franciszkanów, a ich odbudowa i pozyskiwanie funduszy trwało do lat 30. XV w. Wtedy też ostatecznie nadmurowano zakrystię gotycką na mur obronny, prawdopodobnie zamknięto lub lepiej zabezpieczono furtę, a także wzniesiono szczyt sterczynowy. Jego forma prawdopodobnie nawiązywała do wcześniejszego z przełomu XIV i XV w. Szczyt uległ częściowemu zniszczeniu w XVI w. i nie został odbudowany po manierystycznej przebudowie świątyni. W końcu XIX w. nieznacznie go obniżono dowiązując do nowej więźby dachowej nad prezbiterium. Dramatyczny stan zachowania był impulsem do jego rekonstrukcji, którą zakończono w 2022 roku.
Okno wschodnie kościoła zostało zamurowane dopiero w latach 30. XVIII w., w związku z montażem ołtarza głównego wykonanego przez wspomniany już warsztat Christophera Schmidta oraz nową aranżacją wnętrza prezbiterium. W zlikwidowanym oknie gotyckim założono jedynie niewielkie drewniane okienko barokowe, które miało zapewnić dostęp światła do glorii (najwyższej partii ołtarza przedstawiającej Boga w chwale).
Kierując się wzdłuż murów na południe możemy dostrzec wykonane w XVII w. przejście z ogrodu do młynówki (zapewne w celu zapewnienia wody). Pomiędzy tym przejściem – ostatecznie zlikwidowanym w XIX w. – a kościołem znajduje się nowa zakrystia zbudowana w 1850 r. Teraz proponujemy wrócić tą samą drogą i obejść kościół dochodząc do malowanej na czerwono elewacji południowej świątyni z kaplicą Batorych.
